企業(yè)取得的政府補助，會計處理時采用直接沖減研發(fā)費用方法且稅務處理時未將其確認為應稅收入的，應按沖減后的余額計算加計扣除金額。
　　近期，財政部修訂了《企業(yè)會計準則第16號——政府補助》。與原準則相比，修訂后的準則在總額法的基礎上，新增了凈額法，將政府補助作為相關成本費用扣減。按照企業(yè)所得稅法的規(guī)定，企業(yè)取得的政府補助應確認為收入，計入收入總額。凈額法產生了稅會差異。企業(yè)在稅收上將政府補助確認為應稅收入，同時增加研發(fā)費用，加計扣除應以稅前扣除的研發(fā)費用為基數(shù)。但企業(yè)未進行相應調整的，稅前扣除的研發(fā)費用與會計的扣除金額相同，應以會計上沖減后的余額計算加計扣除金額。比如，某企業(yè)當年發(fā)生研發(fā)支出200萬元，取得政府補助50萬元，當年會計上的研發(fā)費用為150萬元，未進行相應的納稅調整，則稅前加計扣除金額為150×50%=75萬元。

　　企業(yè)按照財稅〔2015〕119號文件和97號公告要求設置研發(fā)支出輔助賬時，應參照97號公告所附樣式編制。企業(yè)也可以根據自己的實際情況建立輔助賬，但應涵蓋97號公告所附樣式內容。也就是說輔助賬樣式可以在總局發(fā)布的輔助賬框架內增加有關項目，但不得減少和合并有關項目。

　　研發(fā)支出輔助賬包括4種形式的研發(fā)支出輔助賬、研發(fā)支出輔助賬匯總表以及研發(fā)項目可加計扣除研究開發(fā)費用情況歸集表。4種形式的研發(fā)支出輔助賬分別是：1.自主研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬；2.委托研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬；3.合作研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬；4.集中研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬。
　　企業(yè)應根據研發(fā)項目的形式，在立項后按照項目分別設置輔助賬。從憑證級別記錄各個項目的研發(fā)支出，并將每筆研發(fā)支出按照財稅〔2015〕119號文件列明的可加計扣除的六大類研發(fā)費用類別進行歸類。
　　企業(yè)應在年度終了之后，根據所有項目輔助賬貸方發(fā)生余額匯總填制《研發(fā)支出輔助賬匯總表》，并作為年度財務報告附注，隨年度財務報告一并報送主管稅務機關。
　　企業(yè)還需注意的是，《研發(fā)項目可加計扣除研究開發(fā)費用情況歸集表》用于填報計算本年度享受研發(fā)費用加計扣除優(yōu)惠政策的金額，包括本年度研發(fā)支出費用化加計扣除的部分，以及本年度及以前年度研發(fā)費用資本化在本年度加計攤銷的部分，最后作為附列資料隨企業(yè)年度納稅申報表一并報送主管稅務機關。

　　企業(yè)開展研發(fā)活動中實際發(fā)生的研發(fā)費用形成無形資產的，其稅收上資本化的時點應與會計處理保持一致。《企業(yè)會計準則第6號-無形資產》第7條規(guī)定，企業(yè)內部研究開發(fā)項目的支出，應當區(qū)分研究階段支出與開發(fā)階段支出。
　　1.研究階段支出
　　研究階段，是指為獲取新的科學或技術知識并理解它們而進行的獨創(chuàng)性的有計劃調查，主要是指為獲取相關知識而進行的活動。
　　考慮到研究階段的探索性及其成果的不確定性，企業(yè)無法證明其能夠帶來未來經濟利益的無形資產的存在，因此，對于企業(yè)內部研究開發(fā)項目，研究階段的有關支出，應當在發(fā)生時全部費用化，計入當期損益（管理費用）。
　　2.開發(fā)階段支出
　　開發(fā)階段，是指在進行商業(yè)性生產或使用前，將研究成果或其他知識應用于某項計劃或設計，以生產出新的或具有實質性改進的材料、裝置、產品等，包括生產前或使用前的原型和模型的設計、建造和測試、小試、中試和試生產設施等。
　　考慮到進入開發(fā)階段的研發(fā)項目往往形成成果的可能性較大，因此，如果企業(yè)能夠證明開發(fā)支出符合無形資產的定義及相關確認條件，則可將其確認為無形資產。具體來講，對于企業(yè)內部研究開發(fā)項目，開發(fā)階段的支出同時滿足了下列條件的才能資本化，確認為無形資產，否則應當計入當期損益（管理費用）。
　　（1）完成該無形資產以使其能夠使用或出售在技術上具有可行性。
　　（2）具有完成該無形資產并使用或出售的意圖。
　　（3）無形資產產生經濟利益的方式，包括能夠證明運用該無形資產生產的產品存在市場或無形資產自身存在市場，無形資產將在內部使用的，應當證明其有用性。
　　（4）有足夠的技術、財務資源和其他資源支持，以完成該無形資產的開發(fā)，并有能力使用或出售該無形資產。
　?。?）歸屬于該無形資產開發(fā)階段的支出能夠可靠地計量。
　　3.無法區(qū)分研究階段和開發(fā)階段的支出
　　無法區(qū)分研究階段和開發(fā)階段的支出，應當在發(fā)生時費用化，計入當期損益（管理費用）。

　　有的企業(yè)特別是中小企業(yè)，從事研發(fā)活動的人員同時也會承擔生產經營管理等職能，用于研發(fā)活動的儀器、設備、無形資產同時也會用于非研發(fā)活動，財稅〔2015〕119號文件對允許加計扣除的研發(fā)費用不再強調“專門用于”。為有效劃分這類情形，企業(yè)應對此類人員活動情況及儀器、設備、無形資產的使用情況做必要記錄，并將其實際發(fā)生的相關費用按實際工時占比等合理方法在研發(fā)費用和生產經營費用間分配，未分配的不得加計扣除。

　　根據財稅〔2015〕119號文件規(guī)定，研發(fā)費用加計扣除政策適用于會計核算健全、實行查賬征收并能夠準確歸集研發(fā)費用的居民企業(yè)。按核定征收方式繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)不能享受此項優(yōu)惠政策。

　　研發(fā)費用的核算需要做大量的準備工作，如研發(fā)費用加計扣除政策要求的留存?zhèn)洳橘Y料，涉及公司決議、研發(fā)合同、會計賬簿、相關科技成果資料等等，因此需要企業(yè)研發(fā)、財務等各職能部門密切配合。如果各部門不能有效配合，導致相關資料、會計憑證不全，記賬不完整，會影響到研發(fā)費用的核算以及優(yōu)惠政策的享受。

　　財稅〔2015〕119號文件規(guī)定，企業(yè)共同合作開發(fā)的項目，由合作各方就自身實際承擔的研發(fā)費用分別計算加計扣除。企業(yè)共同合作研發(fā)的項目，由合作各方按照《企業(yè)（合作）研究開發(fā)項目計劃書》和經登記的《技術開發(fā)（合作）合同》分項目設置《合作研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬》，就自身實際承擔的研發(fā)費用按照會計核算要求分項目核算，并按照研發(fā)費用歸集范圍分別計算加計扣除。